但事实上，对于农贸市场来说，食品安全监管是很复杂的，由于商户摊贩的参差不齐，售卖种类的多种多样，以及农贸市场本身的落后设施条件，都间接导致了农贸市场成为了很多食品安全问题滋生的“沃土”。
农贸市场种类多，环节复杂，可追溯性难操作
就比如农贸市场里肉类食品和蔬菜类植物性食品，两者的食品安全追溯就不同，实现环节也有所侧重。首先农贸市场肉类食品基本都是规模化生产，而且多数工厂都形成了产业链条，提供的肉食品都是经过深加工或初加工之后进入市场的，在质量检测追溯方面是完全可控的。肉类食品中从生猪、活鸡到成品肉，经过养殖场到屠宰场再到批发市场或农贸市场、超市等环节，在追溯方面也比较容易，像成品猪肉，都有检疫章或成品单号，方便追溯查询。
但对于农贸市场蔬菜类的植物性食品来说，在追溯方面则相对比较复杂。由于先天性的小农经济、产销地分离等因素影响，导致我国很多农产品很难规模化生产。而且较为重要一点则是农产品在流通中的分散性十分明显。一般流通环节是由固定经销商从产地或大棚（种植大户）运输，进入批发市场，再从批发市场到农贸市场、超市、菜市场等分流发散出去，再有一些当地自种农民（小散单位）自由贩卖等，源头供应商繁多、供应环节复杂，导致农贸市场的蔬菜类食品追溯起来很难。此外，蔬菜类食品追溯还有一个难题，就是由于大多农贸市场蔬菜批量较大，它很难像猪肉那样实现在每一株蔬菜上做出标签或标码。这也一定程度上，导致农贸市场蔬菜类食品很难追溯，只能单纯地依靠经验和诚信维护，但是结果有很大的不确定性。
农贸市场缺乏可视化、有效的追溯数据支撑
较后，整个农贸市场食品安全追溯缺乏有利的数据支撑，无论是流通数据、交易数据、监测数据，还是商户信息、市场信息、菜品信息等，市场其实都有，但是缺乏一个集中的数据平台整理、记录。导致整个农贸市场没有可视化的数据，这也一定程度上导致了农贸市场想实现食品安全追溯很难。无据可查，也无据可依，更无据可究。
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